Tháng 3/2014, báo chí Nhật Bản đưa tin, cựu Chủ tịch Công ty Tư vấn giao thông (JTC) thú nhận, để đổi lấy một gói thầu dự án ODA tại Việt Nam trị giá 4,2 tỷ Yên, Công ty đã “lại quả” cho các quan chức 80 triệu Yên. Việc nhà thầu JTC chi tiền ngoài hợp đồng cho chủ đầu tư Việt Nam đã bị các cơ quan tiến hành tố tụng Nhật Bản khởi tố, xử lý về hành vi vi phạm Luật Cạnh tranh không công bằng và kiến nghị Việt Nam xác minh làm rõ hành vi của các cán bộ Việt Nam.
Kết quả điều tra cho thấy, có việc các lãnh đạo của RPMU nhận tiền chi ngoài từ nhà thầu Nhật Bản. Cụ thể, Dự án Xây dựng đường sắt đô thị tuyến số 1 (giai đoạn 1) được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt tháng 10/2008. Sau đó, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (VNR) có quyết định giao nhiệm vụ chủ đầu tư quản lý Dự án tuyến số 01 cho RPMU.
Tháng 1/2009, RPMU thành lập Tổ dự án Tuyến đường sắt số 01 gồm 21 thành viên, trong đó: Phạm Hải Bằng - Phó giám đốc RPMU làm Chủ nhiệm dự án; Phạm Quang Duy - Trưởng phòng Dự án 3 làm điều phối viên; Nguyễn Nam Thái - Phó trưởng phòng Dự án 3 là chuyên viên kỹ thuật dự án.
Đồng thời, RPMU quyết định thành lập Tổ chuyên gia đấu thầu Gói thầu Dịch vụ tư vấn kỹ thuật của Dự án Tuyến số 01 gồm 13 thành viên, trong đó Phạm Hải Bằng làm Tổ trưởng, Phạm Quang Duy làm Tổ viên thường trực, Nguyễn Nam Thái làm Tổ viên.
Đến tháng 9/2009, RPMU ký Hợp đồng dịch vụ tư vấn kỹ thuật Dự án tuyến số 01 với Liên danh do Công ty Tư vấn giao thông Nhật Bản (JTC) đứng đầu. Hợp đồng giá hơn 2,9 tỷ Yên Nhật và hơn 320 tỷ đồng Việt Nam. Nguồn vốn để thực hiện lấy từ vốn vay ODA của Nhật theo Hiệp định vay JICA lần 1 (4,6 tỷ Yên) cho công tác thiết kế kỹ thuật; hỗ trợ đấu thầu giai đoạn 1 và vốn đối ứng của Việt Nam.
Sau khi hợp đồng được ký kết, Liên danh các nhà tư vấn của Nhật (gọi tắt là JKT) bắt đầu triển khai công việc thì VNR có quyết định thành lập Ban chỉ đạo thực hiện dự án và các tổ thẩm định chuyên ngành kỹ thuật cho Dự án “Xây dựng đường sắt đô thị Hà Nội tuyến số 1, giai đoạn 1”.
Do tăng khối lượng công việc thiết kế cơ bản và thiết kế kỹ thuật, JKT đã nghiên cứu đề xuất thay đổi một số thông số và nội dung của dự án để phù hợp với điều kiện thực tế của Việt Nam, có thêm và bớt một số thông số.
Căn cứ vào phê duyệt của JICA, Bộ Giao thông Vận tải và ủy quyền của VNR, RPMU và JKT tiến hành thương thảo, ký Hợp đồng điều chỉnh. Hợp đồng này đã được JICA và Bộ Tài chính thẩm định. Sau khi điều chỉnh, giá trị hợp đồng tăng thêm 7,68%, lên hơn 3,6 tỷ Yên và hơn 236 tỷ đồng.
Trong quá trình tổ chức thực hiện hợp đồng, Phạm Hải Bằng nêu khó khăn về chi phí thực hiện triển khai dự án nên được đại diện JTC đồng ý hỗ trợ. Thực tế, JTC đã hỗ trợ khoảng 11 tỷ đồng. Số tiền này, các bị can sử dụng vào các hoạt động liên quan dự án (chi phí tổ chức lễ ký kết hợp đồng, hội họp, tiếp khách, đối ngoại...), chi phí chung cho Tổ dự án và Ban quản lý như nghỉ mát, thưởng ngày lễ, tết cho cán bộ, nhân viên, hỗ trợ công đoàn, thanh niên…
Cơ quan điều tra làm rõ, Phạm Hải Bằng, với vai trò Chủ nhiệm dự án Tuyến số 01, trong thời gian từ tháng 9/2009 đến tháng 2/2014 đã trực tiếp hoặc chỉ đạo nhân sự dưới quyền là Phạm Quang Duy, Nguyễn Nam Thái 15 lần nhận tiền của JTC, tiền được đưa ngay tại trụ sở của RPMU. Trong số 11 tỷ đồng nhận được, Phạm Hải Bằng quản lý và sử dụng 4,8 tỷ đồng, phần còn lại do Duy và Thái quản lý sử dụng.
Việc nhận và sử dụng tiền của JTC, các bị cáo không mở sổ sách, không ghi chép theo dõi tại RPMU hay Tổ dự án và không báo cáo ai tại VNR. Tuy nhiên, qua các thời kỳ, Phạm Hải Bằng có báo cáo Giám đốc RPMU gồm Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông, Nguyễn Văn Hiếu, nhưng ba vị giám đốc này đều không có chỉ đạo gì để chấm dứt việc tiếp nhận, sử dụng trái phép các khoản tiền từ JTC, mà để mặc cho Bằng nhận tiền trong thời gian dài. Tết Nguyên đán hàng năm, ba vị cựu Giám đốc RPMU đều được nhận từ 30 - 100 triệu đồng tùy năm, tùy cá nhân.
Nguyễn Nam Thái được quản lý sử dụng 3,4 tỷ đồng và chi vào các hoạt động thưởng lễ tết, chi nghỉ mát, chi cho đoàn thanh niên, công đoàn, phụ nữ của Phòng dự án 3. Thái có lập file exel để theo dõi, nhưng sau mỗi lần chốt báo cáo số liệu chi tiêu với Bằng xong thì Thái xóa các file này. Có 26 cán bộ trong Phòng dự án 3 đã được nhận tiền, nhưng khi nhận không ký và cũng không biết tiền từ đâu ra.
Các bị can Phạm Hải Bằng, Trần Văn Lục, Nguyễn Văn Hiếu, Trần Quốc Đông, Trần Văn Lục, Phạm Quang Duy cùng bị truy tố về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
