Thông qua việc kiểm tra và xác nhận thông tin tài chính mà doanh nghiệp đưa ra thị trường, kiểm toán độc lập có vai trò rất quan trọng đối với mức độ minh bạch và trung thực của thông tin, là căn cứ chủ yếu để cơ quan quản lý xem xét điều kiện chào bán, niêm yết chứng khoán và NĐT ra quyết định đầu tư (hay không đầu tư).
Vì những lý do trên đây, Luật Chứng khoán năm 2006 quy định không chỉ các tổ chức niêm yết, tổ chức phát hành, tổ chức kinh doanh chứng khoán mà cả các công ty đại chúng cũng thuộc đối tượng phải kiểm toán báo cáo tài chính (BCTC) hàng năm; đặc biệt, việc kiểm toán cho các tổ chức chào bán, niêm yết và kinh doanh chứng khoán phải do các công ty kiểm toán (CTKT) được chấp thuận thực hiện. Căn cứ Luật Chứng khoán, Bộ Tài chính cũng đã ban hành Quyết định số 89/2007/QĐ-BTC về việc ban hành Quy chế lựa chọn doanh nghiệp kiểm toán được chấp thuận. Nghị định số 85/2010/NĐ-CP của Chính phủ về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực chứng khoán cũng đã quy định chế tài đối với hành vi vi phạm của CTKT và kiểm toán viên (KTV) được chấp thuận.
Trong hơn 10 năm qua, cùng với sự ra đời và phát triển của TTCK Việt Nam, số lượng CTKT độc lập cũng như CTKT được chấp thuận ngày càng tăng và đã góp phần tạo lập môi trường đầu tư bình đẳng, minh bạch hơn trước rất nhiều. Tính đến cuối năm 2010, số đối tượng khách hàng của kiểm toán độc lập trên TTCK đã tăng gấp hơn 160 lần so với năm 2000, bao gồm 1.608 công ty đại chúng (trong đó có 631 công ty niêm yết, gần 200 tổ chức phát hành), 105 công ty chứng khoán và 46 công ty quản lý quỹ.
Cùng với việc đưa ra ý kiến xác nhận đối với BCTC của doanh nghiệp, qua đó hỗ trợ cho đánh giá của cơ quan quản lý và NĐT chứng khoán, kiểm toán độc lập còn giúp doanh nghiệp hạn chế được các sai phạm về kế toán, tài chính và chấp hành các quy định về các pháp luật có liên quan, đồng thời cải thiện việc quản trị doanh nghiệp. Đây cũng chính là điều kiện để đảm bảo BCTC do doanh nghiệp lập là trung thực và hợp lý.
Tuy nhiên, vì những nguyên nhân chủ quan và khách quan, nhìn chung, chất lượng kiểm toán vẫn còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng mong đợi của những người sử dụng BCTC được kiểm toán trên TTCK. Nhiều doanh nghiệp lập và trình bày BCTC chưa tuân thủ hệ thống chuẩn mực kế toán và chế độ kế toán doanh nghiệp Việt Nam, như việc trích lập dự phòng, ghi nhận doanh thu, tài sản vô hình, hợp nhất BCTC..., khiến CTKT phải đưa ra ý kiến ngoại trừ, đôi khi là rất trọng yếu. Bên cạnh đó, một số CTKT đã không kiên quyết từ chối đưa ra ý kiến khi doanh nghiệp không hợp tác chỉnh sửa BCTC theo đúng chuẩn mực, dẫn đến sai sót trọng yếu. Ngoài ra, khuôn khổ pháp lý chưa hoàn chỉnh, còn thiếu hướng dẫn cụ thể nhiều vấn đề (như giá trị lợi thế, giá trị thương hiệu...) và một số quy định về tài chính doanh nghiệp lại không phù hợp với chuẩn mực kế toán, khiến cho việc vận dụng của doanh nghiệp mỗi nơi một khác và ý kiến của kiểm toán cũng khác nhau.
Một số BCTC của tổ chức phát hành và niêm yết chứng khoán dù đã được kiểm toán nhưng phần thuyết minh còn sơ sài, gây khó khăn cho UBCK cũng như các NĐT trong việc theo dõi và đánh giá tình hình tài chính. Những chỉ tiêu có biến động mạnh, những thông tin về các bên liên quan, giao dịch với các bên liên quan... có thể ảnh hưởng rất lớn tới tài chính doanh nghiệp nên cần được thuyết minh cụ thể. Thời điểm ký nhiều hợp đồng kiểm toán chưa tuân thủ theo quy định của Nghị định 105/2004/NĐ-CP (trước thời điểm kiểm kê) để CTKT có thể tiến hành đầy đủ các thủ tục kiểm toán kiểm kê và đưa ra báo cáo kiểm toán kịp thời, chính xác. Đã có hiện tượng doanh nghiệp cố tình giả mạo sổ sách kế toán, tạo doanh thu ảo để làm giá cổ phiếu, lừa đảo ngân hàng và NĐT, nhưng CTKT không phát hiện được.
Số lượng CTKT và CTKT được chấp thuận còn quá ít so với số lượng tổ chức phát hành, niêm yết và kinh doanh chứng khoán là bất cập không nhỏ. Một số CTKT và KTV không có được quan điểm độc lập với đối tượng được kiểm toán. Trong khi đó, phần lớn các CTKT chưa mua bảo hiểm nghề nghiệp để có nguồn đền bù cho nhà đầu tư chứng khoán nếu trách nhiệm liên đới được xác định.
Sắp tới đây, theo quy định của Luật Chứng khoán số 62/2010/QH12 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Chứng khoán, đối tượng cần được kiểm toán bởi CTKT chấp thuận sẽ mở rộng, bao gồm công ty đại chúng có quy mô vốn và số lượng cổ đông lớn. Luật Kiểm toán độc lập mới được Quốc hội thông qua cũng mở rộng đối tượng bắt buộc kiểm toán BCTC đối với các đơn vị có lợi ích công chúng, các công trình xây dựng dùng vốn ngân sách... Như vậy, nhu cầu và yêu cầu về chất lượng đối với kiểm toán độc lập sẽ gia tăng mạnh mẽ.
