Theo nội dung Hiệp định, thuế suất bình quân đối với hàng Việt Nam xuất khẩu vào Nhật Bản sẽ giảm dần xuống 2,8% vào năm 2018. Khi Hiệp định có hiệu lực, ít nhất 86% hàng nông - lâm - thủy sản và 97% hàng công nghiệp Việt Nam xuất sang Nhật Bản được hưởng ưu đãi thuế. Đổi lại, thuế suất bình quân đối với hàng nhập khẩu từ Nhật Bản vào Việt Nam sẽ giảm dần, xuống còn 7% vào năm 2018. Các mặt hàng thủy sản, nông sản, dệt may, sắt thép, hóa chất, linh kiện điện tử có mức cam kết tự do hóa mạnh mẽ nhất. Trong vòng 10 năm, theo thỏa thuận, Việt Nam và Nhật Bản sẽ cơ bản hoàn tất lộ trình giảm thuế để xây dựng một khu vực thương mại tự do song phương hoàn chỉnh. Theo đó, 94,5% kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam và 87,6% kim ngạch xuất khẩu của Nhật Bản sẽ được miễn thuế nhập khẩu.
Số liệu thống kê của cơ quan hải quan cho thấy, 7 tháng đầu năm 2009, xuất khẩu sang thị trường Nhật Bản đạt kim ngạch 3,3 tỷ USD, giảm 34,8% so với cùng kỳ năm 2008 (trong đó, dệt may đạt 513 triệu USD, tăng 15,9%; thủy sản đạt 338 triệu USD, giảm 15,4%; dầu thô đạt 228 triệu USD, giảm 85%...). Xuất khẩu vào Nhật Bản giảm mạnh do nhiều chủng loại hàng hóa của các nước tương đồng với hàng hóa của Việt Nam, trong giai đoạn khó khăn về xuất khẩu, cạnh tranh do vậy quyết liệt hơn. Bên cạnh đó, dầu thô của Việt Nam xuất khẩu sang Nhật Bản chiếm tỷ trọng lớn, nhưng do giá giảm mạnh nên kim ngạch xuất khẩu sang thị trường này giảm theo.
Trước thời điểm Hiệp định có hiệu lực, Bộ Công Thương đã điểm qua tình hình xuất khẩu sang Nhật Bản, để từ đó doanh nghiệp tham khảo, có đối sách thích hợp. Thứ nhất, nhóm hàng dệt may, nhu cầu về hàng dệt may của Nhật Bản đang tăng trở lại do nền kinh tế của nước này đã vượt qua đáy và đang phục hồi trở lại. Một số doanh nghiệp dệt may nhận định, xu hướng giá nguyên phụ liệu sẽ tiếp tục tăng vào những tháng cuối năm theo biến động giá trên thị trường thế giới tăng do một số yếu tố như nguồn cung bông bị thu hẹp, một số nước giảm diện tích trồng, sâu bệnh, ảnh hưởng của thời tiết, giá xăng dầu tăng... nên đã nhập khẩu nguyên phụ liệu dệt may cho 2 quý cuối năm vào cuối quý II/2009 - thời điểm giá nguyên liệu ở mức thấp. Việc nắm bắt đúng thời điểm giá nguyên liệu thấp để nhập về đã giúp doanh nghiệp sản xuất dệt may giảm bớt chi phí đầu vào. Đây chính là một lợi thế để các doanh nghiệp cạnh tranh về giá so với một số đối thủ xuất khẩu vào Nhật Bản. Một đặc điểm cần chú ý nữa là người dân Nhật Bản rất ưa thích hàng may mặc làm từ chất liệu bông. Do tác động của cuộc khủng hoảng kinh tế toàn cầu mà người dân Nhật Bản có xu hướng tiêu dùng hàng dệt may giá rẻ nhằm cắt giảm tiêu dùng. Trước xu thế ấy, Nhật Bản đã điều chỉnh chính sách nhập khẩu chủ yếu từ nguồn cung cấp của Trung Quốc trong nhiều năm qua sang các nhà cung cấp hàng giá rẻ khác từ châu Á như Ấn Độ, Việt Nam.
Với ngành thủy sản, theo Hiệp định, sẽ có ít nhất 86% hàng nông - lâm - thủy sản của Việt Nam được hưởng ưu đãi về thuế, trong đó mặt hàng tôm sẽ được giảm thuế suất nhập khẩu xuống 1 - 2% ngay khi Hiệp định có hiệu lực, các mặt hàng chế biến từ tôm cũng được giảm mức thuế nhập khẩu. Sản phẩm thủy hải sản chủ yếu xuất sang thị trường này bao gồm các loại cá như cá tra, cá basa, cá hồi, cá đuối, cá bò, cá ghim, cá ngừ hun khói, mực, bạch tuộc, ghẹ.
Nhóm ngành gỗ chế biến cũng được hưởng lợi lớn. Hiện Nhật Bản là thị trường lớn thứ 3 đối với sản phẩm gỗ xuất khẩu của Việt Nam. Từ đầu năm 2009 đến nay, các doanh nghiệp Việt Nam đã lấy lại được vị thế của mình tại thị trường này. Trong khi xuất khẩu sản phẩm gỗ, đặc biệt là đồ nội thất bằng gỗ sang hầu hết các thị trường giảm thì xuất khẩu sang thị trường Nhật Bản lại có xu hướng tăng khá bền vững. Việc thay đổi xu hướng tiêu dùng từ đồ nội thất cao cấp sang đồ nội thất hạng trung là cơ hội tốt đối với xuất khẩu sản phẩm gỗ Việt Nam.
Theo Bộ Công Thương, để tăng tốc vào thị trường Nhật Bản, doanh nghiệp Việt Nam sẽ phải cạnh tranh với các nước khác tại thị trường Nhật Bản. Hạn chế của doanh nghiệp Việt Nam hiện nay là còn yếu ở khâu tiếp cận thị trường nên trong thời gian tới, cần thiết lập hệ thống bán sản phẩm tại chính thị trường Nhật Bản. Bộ Công Thương cũng khuyến nghị, doanh nghiệp cần tìm hiểu kỹ quy định trong Hiệp định để tận dụng tối đa lợi thế về ưu đãi thuế nhằm đẩy mạnh xuất khẩu trong thời gian tới.
