Theo quy định hiện hành, DNNN tiến hành CPH được miễn thuế TNDN trong 2 năm đầu và được giảm thuế 50% trong 2 năm tiếp theo. Chính sách đó mang tính khuyến khích DN trong thời gian đầu với mục đích đẩy nhanh quá trình CPH DNNN. Tuy nhiên, trong thời gian tới, các DNNN CPH hầu hết đều có quy mô lớn, hiệu quả, thị phần và thương hiệu đã được xác định trên thị trường như các ngân hàng thương mại quốc doanh, mạng di động,... Nếu tiếp tục duy trì các chính sách ưu đãi trên sẽ không đảm bảo công bằng với DN mới thành lập và ảnh hưởng lớn đến số thu ngân sách.
Theo Thông tư số 134/2007/TT-BTC, công ty cổ phần thành lập từ CPH DNNN được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh từ ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành (ngày 21/3/2007) không được hưởng ưu đãi thuế TNDN như cơ sở kinh doanh mới thành lập.
Đối với DN CPH được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh từ ngày Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ có hiệu lực thi hành đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì áp dụng điều kiện ưu đãi theo quy định tại Nghị định số 108/2006/NĐ-CP; nếu được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh trước ngày Nghị định số 108/2006/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại.