Theo kết quả kiểm toán năm 2009 của 27 doanh nghiệp nhà nước gồm 24 tập đoàn, tổng công ty và 3 công ty nhà nước độc lập cho thấy: 25/27 doanh nghiệp sản xuất kinh doanh có lãi, bảo toàn và phát triển vốn. Một số đơn vị còn thua lỗ là Tổng công ty Lắp máy Việt Nam, lỗ 103 tỷ đồng, Tổng công ty Sông Hồng 20,641 tỷ đồng và Tổng công ty Bưu chính Việt Nam 1.026 tỷ đồng.
Trong quản lý nguồn vốn kinh doanh, một số đơn vị thành viên tại các tập đoàn, tổng công ty quả kinh doanh còn thấp, thua lỗ: tổng công ty Bưu chính Việt Nam thuộc tập đoàn Bưu chính viễn thông Việt Nam; Công ty 502, 503, 529 thuộc Tổng công ty Xây dựng Công trình giao thông 5; Công ty nhựa Sài Gòn, Công ty Điện tử - tin học Sài Gòn thuộc Tổng công ty Công nghiệp Sài Gòn.
Kết quả kiểm toán tại các bộ, ngành và địa phương về chi ngân sách nhà nước cũng cho thấy: việc điều hành kế hoạch vốn còn điều chỉnh, bổ sung nhiều lần; kinh phí không giao hết ngay từ đầu năm; bố trí vốn cho các dự án còn dàn trải, chưa phù hợp với thời gian, tiến độ theo quyết định đầu tư chưa ưu tiên bố trí vốn thanh toán nợ đọng một số tỉnh điều chuyển vốn chương trình mục tiêu quốc gia không đúng mục tiêu, đối tượng bố trí vốn cho các dự án ngoài kế hoạch không được hội đồng nhân dân phê duyệt.
Về chi thường xuyên, các bộ, ngành khi lập và giao dự toán chưa khắc phục những thiếu sót từ năm trước như: lập dự toán chậm, dự toán một số nhiệm vụ chi lập thiếu cơ sở (không tập hợp đầy đủ từ dự toán của các đơn vị trực thuộc), thiếu thuyết minh...; giao dự toán cho một số đơn vị còn chậm, không giao hết kinh phí ngay từ đầu năm một số khoản chi lập và giao dự toán chưa sát yêu cầu nhiệm vụ nên khi thực hiện phải hủy dự toán, hoàn trả ngân sách hoặc chuyển nguồn sang năm sau, 12/32 địa phương được kiểm toán không giao hết số kinh phí ngay từ đầu năm, 2/32 địa phương bố trí vốn cho lĩnh vực giáo dục và đào tạo thấp hơn mức trung ương giao; một số địa phương phân bổ dự toán cho một số nội dung không có định mức, nhiệm vụ chi cụ thể.
Kết quả kiểm toán năm 2010 cho thấy những tồn tại, hạn chế trong công tác quản lý đầu tư đã được Kiểm toán Nhà nước phát hiện và kiến nghị từ những năm trước chậm được khắc phục, như Bạc Liêu, Lào Cai, Quảng Nam , Vĩnh Phúc, Trà Vinh, Hà Nội...
Cụ thể, giai đoạn chuẩn bị đầu tư thì chất lượng công tác quy hoạch và chuẩn bị đầu tư còn hạn chế, chưa đáp ứng khả năng về vốn nên số chi chuyển nguồn lớn đầu tư xây dựng chưa căn cứ hoặc chưa có quy hoạch tổng thể; trong giai đoạn thực hiện đầu tư thì hồ sơ mời thầu tại một số dự án còn sai sót tiên lượng mời thầu thừa, thiếu khối lượng mời thầu công việc không có trong thiết kế đấu thầu không đúng kế hoạch được duyệt; đấu thầu hạn chế, chỉ định thầu sai qui định;
Kết quả kiểm toán cho thấy, số kinh phí sử dụng sai chế độ, tiêu chuẩn, định mức phải thu hồi nộp ngân sách nhà nước tại 14 bộ, ngành và 10 tổ chức chính trị - xã hội - nghề nghiệp nhận hỗ trợ kinh phí từ ngân sách nhà nước lên đến 4,76 tỷ đồng, trong khi số chi sai chế độ phải thu hồi nộp ngân sách nhà nước của 20 bộ, ngành được kiểm toán năm 2008 chỉ là 3 tỷ đồng.
Tình trạng chi thường xuyên vượt dự toán giao đầu năm tại các địa phương chậm được khắc phục, 31/32 tỉnh, thành phố được kiểm toán đều chi vượt dự toán chi thường xuyên được hội đồng nhân dân giao đầu năm, trong đó 9/32 tỉnh mức vượt trên 30%: Hậu Giang, Cao Bằng, Phú Yên, Quảng Nam, Hà Nội; 19/32 tỉnh, thành phố chi quản lý hành chính vượt trên 30% dự toán hội đồng nhân dân giao đầu năm, như: Việc cho vay sai quy định, tạm ứng kéo dài nhiều năm, chậm hoặc chưa thu hồi tuy có giảm so năm 2008 (năm 2009 là 3.081,3 tỷ đồng, năm 2008 là 4.683 tỷ đồng) song còn xảy ra ở nhiều tỉnh, thành phố được kiểm toán (năm 2008 có 12/37 tỉnh; năm 2009 có 18/32 tỉnh).
Một số bộ, ngành còn số dư nợ phải thu lớn, kéo dài: bộ Xây dựng 56,2 tỷ đồng; ủy ban Trung ương mặt trận tổ quốc Việt Nam 4,7 ỷ đồng; các khoản tạm ứng đã lâu chưa được quan tâm thu hồi: bộ Văn hoá thông tin và du lịch; bộ Y tế, bộ Lao động thương binh và xã hội; nợ phải thu khó đòi chưa có biện pháp xử lý, quản lý các khoản nợ chưa chặt chẽ.
Việc mua sắm, quản lý và sử dụng tài sản: còn nhiều bộ, ngành quản lý tài sản chưa chặt chẽ: bộ Xây dựng; Tài nguyên Môi trường; Lao động thương binh và xã hội; Giao thông vận tải; Y tế; Ngoại giao; Nông nghiệp và phát triển nông thôn. Trong đó các sai phạm phổ biến là phản ánh giá trị tài sản không đúng; chưa tổ chức kiểm kê tài sản cuối năm; chưa ghi nhận tài sản vào sổ kế toán..., ngoài ra, còn tình trạng sử dụng tài sản không đúng mục đích, không hiệu quả, mua sắm tài sản chưa đủ thủ tục.
Ngày 30.8, Kiểm toán nhà nước đã tổ chức họp báo công bố báo cáo kiểm toán năm 2010 về niên độ ngân sách năm 2009. Kết quả kinh doanh tại một số đơn vị thuộc các tập đoàn, tổng công ty nhà nước còn thua lỗ; hiệu quả quản lý nguồn vốn kinh doanh tại một số đơn vị thành viên tại các tập đoàn, tổng công ty còn thấp.
