Theo quy định tại Thông tư 03/2009/TT-BTC hướng dẫn thực hiện giảm, gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), DN được giảm 30% số thuế quý IV/2008, nhưng trong thực tế, có nhiều DN chưa biết, đã nộp tờ khai và nộp đủ thuế vào ngân sách nhà nước mà chưa tính giảm trừ. Trường hợp này cần được hướng dẫn thêm về việc hoàn thuế, hay được trừ vào số thuế phải nộp của tháng sau? Theo cơ chế mới, cơ quan thuế phải hoàn thuế trong vòng 7 - 8 ngày (giảm một nửa thời gian so với trước đây), nhưng vẫn chưa có hướng dẫn cụ thể cho DN kê khai để thông qua hệ thống xử lý dữ liệu có thể phân loại ngay DN, nhằm hạn chế rủi ro khi hoàn thuế. Về việc thực hiện giảm 50% thuế giá trị gia tăng và tính toán chính xác số thuế tăng giảm, vấn đề này vướng phải việc nhân sự kê khai, kiểm tra đang quá tải khiến DN phải chờ đợi. Có ý kiến cho rằng, quy định giảm thuế TNDN cho DN có vốn dưới 10 tỷ đồng và dưới 300 lao động là chưa hợp lý, cần loại trừ DN chịu thuế tiêu thụ đặc biệt ra khỏi đối tượng được hưởng ưu đãi, chỉ những DN thực hiện tốt nghĩa vụ thuế mới được hưởng, các đơn vị chây ỳ tiền thuế thì không được hưởng quyền lợi này.
